在金小宝电签系统中，不同支付方式的限额规定如下：

芯片卡支付限额：

单笔限额：10万人民币。

单日限额：50万人民币。

磁条卡支付限额：

认证前单笔限额：1000人民币以内。

认证后单笔限额：5万人民币。

单日限额：50万人民币。

扫码支付限额：

单笔限额：1000人民币以内。

根据以上限额规定，商户在进行金小宝电签支付时需要注意支付方式的限额，以确保交易的顺利进行。

当选择支付方式时，商户可以根据交易金额来判断最合适的支付方式，以避免超出限额的情况发生。具体建议如下：

对于金额较大的支付交易，推荐使用芯片卡支付，以保证单笔和单日交易限额不超过规定。

对于认证前的小额支付交易，磁条卡支付是一种便捷的选择，限额在认证前单笔1000人民币以内。

在磁条卡已完成认证后，商户可以选择使用磁条卡支付，单笔限额提高至5万人民币，单日限额为50万人民币。

对于小额支付交易，扫码支付是一种快速且方便的方式，限额在单笔1000人民币以内。

通过了解金小宝电签的限额规定，并根据交易金额选择合适的支付方式，商户能够更好地管理支付风险，确保交易的顺利进行。